調子がいいと、薬を休みたくなってしまいます…

とても自然な気持ちだと思います。
ただ、IBDは「症状が落ち着いていても、病気がなくなったわけではない」ことに注意が必要です。
薬を自己判断で中断すると、再燃（ぶり返し）のリスクが高くなるため、
減らしたい・休みたいと感じた時は、必ず主治医に相談してください。